Sus funciones principales son: recaudar, administrar y distribuir los recursos financieros del sector salud; financiar las prestaciones de salud otorgadas a sus beneficiarios; identificar a los asegurados e informarles adecuadamente sobre sus derechos; conocer y resolver reclamos; fiscalizar las cotizaciones de salud y los recursos destinados a prestaciones.

FONASA da cobertura de salud a más de 13 millones de asegurados, sin exclusión de edad, sexo, nivel de ingreso, nº de cargas familiares ni enfermedades preexistentes. Posee cobertura nacional a través de su Casa Matriz y sus cuatro Direcciones Zonales: Norte, Centro Norte, Centro Sur y Sur. Su personal esta compuesto principalmente por mujeres (67%).